Quando o café estiver com umidade em torno de 12% poderá ser recolhido e armazenado. O tipo exato de armazenamento dependerá de qual estado o café estará: em "coco" ou beneficiado. Explicando melhor: logo após o processo de secagem, o café está no estado chamado "coco", contendo a casca e as demais impurezas normais que traz da plantação. O armazenamento do café em “coco” é feito em tulhas (construções específicas de madeira ou alvenaria) nas próprias fazendas.

Porém, para que o café possa ser industrializado, é necessário o processo de beneficiamento, que compreende no conjunto de operações que retira do café, em “coco”, seco, a casca, elimina as impurezas e separa os grãos em diferentes tamanhos de favas, sendo posteriormente ensacados em sacos de juta. Todo o processo de retirada da casca é feito por uma peça cilíndrica giratória, que atrita os grãos, descascando-os. A separação das impurezas e a classificação são efetuadas através de peneiras, ventilação, catadores de pedras e separadores magnéticos.

O café beneficiado é ensacado e guardado em armazéns de alvenaria que condicionam os fatores indispensáveis a conservação do produto. Os sacos são colocados em pilhas, que formam vários blocos divididos por diversos corredores. O combate às pragas com produtos inseticidas é realizado periodicamente, visando eliminar as pragas que ocorrem no armazenamento (caruncho e traças).

O café, assim, está pronto para ser industrializado, o que ocorre sob duas maneiras principais: a indústria de torrefação e moagem, para produção do pó comum, e a indústria do café solúvel.

O processo de torrefação comum compreende na torra do café beneficiado a uma temperatura entre 230-250º, e sua posterior moagem, estando pronto para ser preparado em infusão e bebido. Quando torrados, os grãos de café ficam com uma coloração marrom, aumentando o volume de 30-50% e reduzindo o peso em torno de 15-25%.

Para a produção do café solúvel a temperatura para torração é menor que a da torração convencional, sendo em torno de 190-210ºC. Depois de torrado o café é moído e solubilizado em água quente. O líquido obtido é centrifugado e entra no processo de secagem em torres próprias, com ar quente, ou através de um processo chamado liofilização. De cada 3kg de café verde (beneficiado) obtém-se cerca de 1kg de café solúvel.