Após 2,5 anos e 3 anos de idade, em média, os cafeeiros entram em fase produtiva. No período de setembro a novembro, com a entrada das chuvas, as plantas começam a florescer, surgindo flores brancas e perfumadas que possuem 5 pétalas. As flores fecundadas dão origem a pequenos frutos, de cor verde, que inicialmente recebem o nome de “chumbinhos”. Com o tempo os frutos vão crescendo e, quando maduros, de abril a agosto, ficam com a coloração vermelha ("cerejas"), ou amarela, conforme a variedade do café plantado, quando são colhidos.

A colheita do café é feita quando a maioria dos frutos está madura ou seca. No centro-sul do Brasil, região onde se mais planta café no país, isto ocorre de abril a agosto. A colheita compreende várias operações que, para o método manual e mais usual, abrange:
- arruação ou coroação: limpeza da área onde cairá o café;
- varrição: é o levantamento do café caído naturalmente, antes da derriça;
- derriça: é a derrubada dos frutos manualmente. Além de se derrubar o café no chão, pode ser feita no pano e no cesto, apresentando vantagem de reduzir as impurezas no café;
- levantamento: é o ajuntamento do café derriçado em peneiras, onde se efetua a abanação, para eliminação das impurezas leves;
- esparramação: é a operação inversa a arruação, quando as leiras ou “coroas” são desmanchadas após a colheita.

Atualmente já existe uma colheitadeira mecânica de café, que trabalha a cavaleiro na fileira, derriçando com hastes vibratórias, recolhendo o café caído em esteira, ventilando o café e ensacando-o.

O café, depois de colhido, é transportado para ser preparado, o que pode ser realizado por dois métodos: a seco e o úmido, sendo o primeiro mais usual nas condições brasileiras.
- Método seco: o café colhido é conduzido aos terreiros ou aos secadores para secagem. Nos terreiros os cafés são revolvidos constantemente, para expor os grãos ao sol, e a secagem se completa em 15-20 dias. Já nos secadores o café é seco pelo calor produzido pela queima de lenha ou de palha e a secagem se completa em dois ou três dias, com a temperatura mantida em torno de 45º a 60ºC.
- Método úmido: por este método se obtém os cafés despolpados, preparados quase que exclusivamente para a produção de sementes. O café é despolpado em equipamentos especiais, degomado e seco, sendo este um processo que requer maior demanda de trabalho.