Implantada com o mínimo de conhecimento (a mata era derrubada, queimada e o café semeado, sendo um início de uma ação predatória bastante elevada do meio ambiente), em regiões que mais tarde se tornaram inadequadas para seu cultivo, a cafeicultura no centro-sul do Brasil encontrou seus primeiros problemas em 1870, quando uma grande geada atingiu as plantações do oeste paulista provocando prejuízos incalculáveis. Seguiu-se, também, uma intensiva seca e incêndios que se propagaram de São Paulo ao Paraná. A cafeicultura nacional passa por sua primeira crise que, superada, agora era mais consciente na busca por técnicas corretas e por áreas apropriadas para o plantio.

Contudo, o crack da Bolsa de Nova York em 1929 forçou a queda brusca no preço internacional do café (caindo, em 1930, para pouco mais que a metade de seu valor em 1928). Em 1931 caiu para menos de 40%, ficando nesses patamares até 1947, quando os preços voltaram aos níveis de 1928. Para enfrentar este período de crise, os governadores dos Estados de São Paulo, Minas Gerais e Rio de Janeiro reuniram-se (fevereiro de 1906) no chamado Convênio de Taubaté, que definiu uma política para a valorização do produto: os governos estaduais comprometeram-se a comprar toda a produção e usar os estoques como instrumentos para impedir quedas e oscilações no preço do produto, além de proibir novos plantios. O Convênio de Taubaté representou a primeira intervenção oficial em defesa do café. Nos anos seguintes, o governo federal também tomou iniciativas nesse sentido.

Assim, quando a economia mundial conseguiu se recuperar do golpe de 1929, o Sudeste do país voltou a crescer, com a ajuda das iniciativas do governo e com perspectivas lastreadas na cafeicultura e na indústria, que assumia parcelas maiores da economia. O café retomou sua importante posição nas exportações brasileiras e, mesmo perdendo mercado para outros países produtores, o país ainda se manteve como maior produtor de café do mundo. Após nova crise de superprodução mundial em 1957, os países produtores e os grandes consumidores criaram o Acordo Internacional do Café (1962), que estabeleceu quotas de exportação para os países-membros.

Desde os anos 50, porém, a importância do café para a economia brasileira tem decrescido sensivelmente. Uma das conseqüências da crise mundial de 1957 foi o início da produção de café solúvel. Além disso, a participação do café nas exportações do pais diminuiu; em meados dos anos 70, o valor da exportação de manufaturados ultrapassou o do café, que, desde o início dos anos 80, responde por cerca de 10% do valor total das exportações brasileiras. Apesar disso, o café é ainda um dos principais produtos isolados exportados pelo país, que é o maior produtor de café e o segundo mercado consumidor do mundo.